Az FCU-rendszerek mögött meghúzódó tudomány a fizika alapelveit, különösen a termodinamikai törvényeket használja, amelyek szabályozzák a hőátadással kapcsolatos folyamatokat, például a vezetést és a konvekciót. A hőelnyelés a tekercsen keresztül történik, amikor a hűtőközeg elpárolog, hogy lehűljön a hűtés üzemmódban.
Ami a gyakorlati vonatkozásait illeti, az FCU rendszer levegő- és hűtőközeg mozgással rendelkezik. Hűtés üzemmódban melegebb levegőt vesz fel ebből a térből, és átfújja a tekercsen. Ezért a hűtőközeg hőt von el a levegőből, így lehűti azt.
Ezt a hideg levegőt azután visszavezetik a helyiségbe, hatékonyan hűtve azt. Fűtési módban azonban a fordított folyamatot alkalmazzák. A hőt a hűtőközegből a hőcserélőn keresztül távolítják el, és a levegőbe továbbítják, felmelegítik, mielőtt visszaszívják a helyiségbe.